Recherche de tag: MacNemar

Demande en entrée un tableau avec le nom du regroupement, le nombre d'individus statistiques où le caractère observé est absent, apparait, disparait et se maintient entre t et t+1.
Packages additionels: "treemap", "RColorBrewer"
R version 3.4.4
OS: Linux Xubuntu 16.04
setwd()
library(treemap)
library(RColorBrewer)
tabl #contient vos données en entrée classe data.frame
## Préparation des vecteurs nécessaires au fonctionnement de du script:
Somme<-rep(0,nrow(tabl)) # stock le nombre total d'individus statistiques
stat_mcnemar<-rep(0,nrow(tabl)) # stock la VTZ² pour chaque regroupement
pvalue_mcnemar<-rep(0,nrow(tabl)) # stock la p.value pour chaque regroupement
Applicable<-rep(NA,nrow(tabl)) # stock la condition d'appliation du test
Linkimg<-rep(0,nrow(tabl)) # stock le lien vers la sortie graphique
## Boucle de calcul des paramètres du test et des sorties graphiques par regroupement
for (i in c(1:nrow(tabl))){
# Vérifie que le test de Mac-Nemar est applicable
Somme[i]<-sum(tabl[i,c(1:4)])
Applicable[i]<- tabl[i,3]+tabl[i,2]
# Produit une matrice pour le test de Mac-Nemar
mat<-matrix(c(tabl[i,4],tabl[i,2],tabl[i,3],tabl[i,1]),ncol=2)
# Stockage des résultats du test avec signalement des regroupements où il n'est pas applicable
if (Applicable[i] < 20) stat_mcnemar[i]<- "test non applicable"
else stat_mcnemar[i]<-mcnemar.test(mat)$statistic
if (Applicable[i] < 20) pvalue_mcnemar[i]<- "test non applicable"
else pvalue_mcnemar[i]<-mcnemar.test(mat)$p.value
# Export du graphique résumant la répartition des mailles sur le site et stockage du chemin d'accès dans le tableau
sign<-NULL
if (mcnemar.test(mat)$p.value == "NaN") sign<- c("NA") else
if (mcnemar.test(mat)$p.value < 0.01) sign<-c("***") else
if (mcnemar.test(mat)$p.value < 0.05) sign<-c("**") else
if (mcnemar.test(mat)$p.value < 0.1) sign<-c("*") else sign<-c("-")
# permet de synthétiser la p.value sous forme d'un code à étoiles
value=c(export[i,4],export[i,2],export[i,3],export[i,1])
group=c(paste("Maintien: ",export[i,4]," mailles",sep=''),
paste("Apparition: ",export[i,2]," mailles",sep=''),
paste("Disparition: ",export[i,3]," mailles",sep=''),
paste("Absence: ",export[i,1]," mailles",sep=''))
Tab=data.frame(group,value)
Titre<-NULL
if (Applicable[i] == 0) Titre<- c("Non Applicable") else
Titre<- paste(round(mcnemar.test(mat)$statistic,3)," (",sign,")",sep='')
photo<-paste(getwd(),rownames(export[i,]),".jpg",sep='')
colors <- c("#FFFF00","#FF0000","#0000FF","#FF00FF")
group=c("Maintien","Apparition","Disparition","Absence")
jpeg(filename=photo,res=600,width=6,height=6,units="cm")
treemap(Tab,
index="group",
vSize="value",
type="index",
palette=colors,
fontsize.labels = 5,
force.print.labels = T,
fontface.labels = 4,
title= Titre,
fontsize.title = 10,
border.lwds= 0.5,
fontcolor.labels="black")
dev.off()
Linkimg[i]<-photo
}
export1<-cbind(tabl,Somme,stat_mcnemar,pvalue_mcnemar,Linkimg)
write.csv(export1,paste(getwd(),"/res-mcnemar.csv",sep=''))
0/5 - [0 rating]