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Réarrangement de l'ordre des branches d'un dendrogramme [R]

04.07.2018     gdevailly      hclust dendrogram optimal leaf ordering OLO seriation clustering heatmap 

  Lors d'un clustering hierarchique, l'agencement des branches à chaque nœud est laissé libre (telle branche peut être agencé à gauche ou à droite).
Il peut en résulter des visualisations de heatmaps clusterisée parfois pas très belle.
Heureusement, il est possible de réarranger les branches d'un clustering hiérarchique pour aboutir à de jolies images, tel qu'illustré dans ce billet de blog:
http://nicolas.kruchten.com/content/2018/02/seriation/

Cette petite fonction remplacera donc avantageusement la fonction hclust() dans vos heatmaps clusterisées.
# perform hclust, then aply optimal leaf ordering of the dendrogram branches
require(seriation) # you should install.packages("seriation") if error message

hclust_olo <- function(mdist, ...) {
    myClust <- hclust(mdist, ...)
    myOlo <- seriation::seriate(mdist, method = "OLO")
    seriation::permute(myClust, myOlo)
}
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